|
|
Danio rerio as a model of serious human diseases
Hason, Martina ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Divoký, Vladimír (oponent)
(SLOVENSKY) Za posledných päť desaťročí sa danio pruhované (Danio rerio) stalo užitočným modelovým organizmom v oblasti vývojovej biológie ako aj v štúdiu ľudských ochorení. Používanie dania v xenotransplantačných štúdiách sa stáva čoraz populárnejším a pokročilo smerom k skríningu protirakovinových liečiv. Zebričky sú obzvlášť vhodné pre high-throughput predklinický skríning liečiv vzhľadom na malú veľkosť ich embryí ako aj na vysoký podiel evolučne konzervovaných dráh, súvisiacich s rakovinou. Hodnotenie reakcie rakovinových buniek na liečivá in vivo musí byť rýchle a efektívne, aby mohlo znamenať pokrok pre personalizovanú medicínu. Stále však chýbajú metódy, ktoré by umožňovali rýchle a citlivé hodnotenie rastu nádorových buniek pre high-throughput skríning liečiv v in vivo modeloch. Navrhli sme a experimentálne overili novú bioluminiscenčnú skríningovú platformu, v ktorej sme použili embryá dania transplantované rakovinovými bunkami. Náš model by mohol byt vhodným riešením pre predklinické testovanie liečiv in vivo, prostredníctvom bioluminiscencie. V našich experimentoch sme použili luciferázu NanoLucTM , ktorá nám umožnila rýchly skríning protirakovinových inhibítorov. V porovnaní s konvenčným fluorescenčným signálom má bioluminiscenčný signál veľmi nízke pozadie a je preto vhodným, citlivým...
|
|
|
Vývoj instrumentace a metod s vysokou propustností pro hledání a validaci peptidových ligandů
Kryštůfek, Robin ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Jiráček, Jiří (oponent)
Peptidy tvoří synteticky dostupné a snadno derivatizovatelné "lešení", na jehož základě je možno vyvíjet ligandy zaměřené na široké spektrum biologických cílů. Tradiční postup k identifikaci těchto výchozích peptidů je příprava a testování kombinatoriálních knihoven. Kombinatoriální syntézu a následný screening je možné obejít využitím biologických systémů prezentace, identifikace a selekce peptidů založených na principu in vitro evoluce - tzv. display technik. V této práci je představen vývoj automatizovaných řešení obou těchto přístupů. Prvním z nich je paralelní syntetizátor peptidů SPENSER vyvinutý v rámci tohoto diplomového projektu jako nástroj k hledání a optimalizaci peptidových ligandů, stejně jako k validaci ligandů nalezených display technikami. K popisu jeho funkčních omezení bylo připraveno několik knihoven sestávajících celkem z 1 052 peptidů. Reprezentativní vzorek 154 preparací, představující 14,6 % analytické pokrytí připravených knihoven, vykazoval dle LC-MS průměrnou čistotu 67 ± 19 %. Na předložených knihovnách je ilustrováno, že SPENSER je vhodným nástrojem pro paralelní syntézu lineárních i disulfidově cyklizovaných peptidů s omezenou variabilitou, či knihoven sestávajících z krátkých peptidů. Jeho nízký rozsah reakce ve srovnání s komerčně dostupnými syntetizátory dále...
|
|
|
Development of high-throughput screening assay for the identification of inhibitors targeting influenza A polymerase
Karlukova, Elena ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Virus chřipky způsobuje infekční oněmocnění, postihující 3 až 5 milionů jedinců ročně. V současné době se k lečbě chřipkových infekcí používají dva druhy léčiv: inhibitory neuraminidasy a inhibitory iontového kanálu M2. Vzrůstající počet kmenů resistentních vůči těmto inhibitorům a riziko vzniku nových pandemických kmenů však vytvářejí dosud neuspokojenou potřebu nového typu inhibitorů. RNA-dependentní RNA polymerasa viru chřipky je novým cílem pro vývoj inhibitorů směrovaných proti viru chřipky. Cílem této diplomové práce bylo vyvinout vysokokapacitní testovací metody pro nalezení potenciálních inhibitorů dvou aktivit chřipkové polymerázy - vazby 7-methylguanosinové čepičky hostitelských RNA a jejich enodukleasové štěpění. Pro doménu vázající 7-methylguanosinovou čepičku bylo testování založeno na metodě DIANA (DNA-linked Inhibitor ANtibody Assay), která byla nedávno vyvinuta v laboratoři školitele; testování inhibitorů endonukleasové domény pak bylo založeno na technologii AlphaScreen. Pro potřeby vývoje velkokapacitních testovacích metod byla připravena rekombinantní doména vázající 7-methylguanosinovou čepičku z podjednotky PB2 a N-koncová doména PA podjednotky chřipkové polymerasy, nesoucí endonukleasovou aktivitu. Oba rekombinantní proteiny byly exprimovány s příslušnými afinitními značkami a...
|
|
|
Srovnání indukce a regulace autofagocytózy v proliferujících a senescentních nádorových buňkách
Pešina, František ; Anděra, Ladislav (vedoucí práce) ; Rudolf, Emil (oponent)
Autofagie, senescence a apoptóza jsou velmi těsně propojené děje, které společně určují osud buňky v reakci na rozličné stresy. Existuje množství důkazů podporujících tezi, že senescentní buňky jsou na autofagii vysoce závislé a tento proces v nich probíhá intenzivněji, než v nesenescentních buňkách. Autofagie může do určité míry kompenzovat zvýšené energetické a metabolické nároky senescentních buněk a též pomáhá odstraňovat toxické produkty jako jsou oxidované proteiny, proteinové agregáty a poškozené organely, vznikající jako důsledek přetíženého metabolismu některých senescentních buněk. Navíc některé studie prokázaly nezbytnost autofagie i pro samotné navození senescentního fenotypu. Stejně tak však existují i studie se zdánlivě protichůdnými výsledky, které tvrdí, že zvýšená autofagie naopak brání navození buněčné senescence. Vztah autofagie k apoptóze je podobně dvojaký. Neporušená schopnost autofagie je pro buňku nezbytná, přičemž mírně zvýšená autofagie má na buňku stále spíše pozitivní dopady. V případě velmi silně zvýšené až excesivní autofagie však může dojít ke kritické degradaci komponent důležitých pro další fungování buňky a to může vést až ke spuštění některého z programů buněčné smrti. V první části této práce jsme se zaměřili na porovnání autofagické odpovědi mezi proliferujícími...
|
host ::
RSS.